Protestrede
Als in 1940 de Tweede Wereldoorlog begint, neemt het leven een drastische wending. Een moeilijke tijd breekt aan, niet alleen vanwege de door de Duitse bezetter opgelegde maatregelen op de Universiteit, maar vooral door zijn Joodse achtergrond. Op 23 november 1940 wordt Meijers, als algemene maatregel voor Joodse hoogleraren, samen met enkele andere hoogleraren en docenten uit zijn ambt ontheven. Op dinsdag 26 november krijgen de betrokkenen officieel bericht over hun ontslag. Hierop neemt professor Cleveringa - oud-promovendus van Meijers - het college van Meijers op die dag over. Als Decaan van de faculteit ziet Cleveringa het als zijn taak Meijers bij te staan door een protestrede uit te spreken waarin hij zijn afkeuring over het ontslag van Meijers uit. In deze rede, die met de grote zorgvuldigheid was voorbereid, onthoudt hij zich van politieke en opruiende uitspraken om eventueel onheil, maar vooral ondoordachte studentenacties, te voorkomen. Na deze rede werd door alle aanwezigen, diep onder de indruk, het ‘Wilhelmus’ gezongen.
Dat zijn rede niet ongehoord is gebleven bij de bezetter bewijst zijn arrestatie een dag na zijn voordracht, waarna hij zeven maanden gevangen wordt gehouden.
Naast Cleveringa is een ander persoon belangrijk in Meijers leven: Joannes Antonius James Barge. Barge is hoogleraar anatomie/embryologie, studeerde in Amsterdam en werd in 1919 benoemd aan de Leidse universiteit. Samen met de historicus J. Huizinga, de medicus J. vd. Hoeve en de theoloog G.J. Heering richten Barge en Meijers een actieve wandelclub op en elke woensdagmiddag wordt de pas erin gezet.
Deportatie
Augustus 1942 wordt een aantal hoogleraren gearresteerd wegens vermeend verzet en het geven van illegale colleges, onder hen ook Meijers. Hij wordt naar Den Haag en later naar Westerbork gedeporteeerd, waar kort daarop ook zijn vrouw en dochter aankomen.Na enkele verhuizingen naar andere kampen die door de naderende bevrijding steeds door de nazi’s worden ontruimd, wordt het gezin Meijers uiteindelijk op transport gezet naar Theresiënstadt in het voormalige Tsjecho-Slowakije. Elk contact met Leiden is dan verbroken en het ergste wordt gevreesd. Groot is dan ook de verrassing en nog groter de blijdschap als - na de bevrijding - het gezin veilig in Leiden terugkeert.
Nieuw Burgerlijk Wetboek
In juni 1945 pakt Meijers de draad weer op. Hij begint aan een nieuwe periode in zijn leven. 1947 is het jaar waarin zijn mentale krachten weer op het oude niveau zijn. Op 25 april ontvangt Meijers bij Koninklijk Besluit de opdracht om een nieuw Burgerlijk Wetboek (BW) te ontwerpen en nadat hij van zijn taken als hoogleraar is ontlast, stort hij zich volledig op deze grote uitdaging. Het wetboek vormt de basis van de wetgeving op het gebied van het Burgerlijk Recht. Het originele BW dateert van 1838 en is grotendeels een navolging van de Franse Code-Civil. Sindsdien is het herhaaldelijk gewijzigd. In 1954 levert Meijers het ontwerp van de eerste vier boeken. Pas in 1970 wordt het eerste boek officieel ingevoerd, tegelijk met een speciale, door de PTT uitgegeven postzegel met de beeltenis van Meijers. In 1976 volgt de invoering van het tweede boek.
Meijers werd door een grote schare mensen omringd. Hij was een bescheiden man en had de beschikking over een aantal buitengewone gaven. Op 18 september 1950, bij zijn afscheid als hoogleraar wordt zijn borstbeeld onthuld in het Academiegebouw van de Leidse universiteit. Na zijn afscheid worden hem nog vier jaren van zijn emeritaat gegund. Op 74 jarige leeftijd overlijdt hij vrij onverwacht op 25 juni 1954 te Leiden.